L’encyclopédie des éléments d’ADN (ENCODE) est un projet de recherche public qui vise à identifier les éléments fonctionnels du génome humain. ENCODE soutient également la recherche biomédicale en « générant des ressources publiques de données génomiques, de logiciels, d’outils et de méthodes d’analyse de données génomiques, ainsi que des produits résultant de l’analyse et de l’interprétation des données ».
Histoire
Le projet ENCODE a été lancé par l’Institut national américain de recherche sur le génome humain (NHGRI) en septembre 2003. Destiné à faire suite au projet du génome humain, le projet ENCODE a pour objectif d’identifier tous les éléments fonctionnels du génome humain.
Le projet implique un consortium mondial de groupes de recherche, et les données générées par ce projet sont librement accessibles par le biais de bases de données publiques. Le projet ENCODE a été lancé pour la première fois en 2013 et, depuis lors, il évolue en fonction des recommandations des membres du consortium et de la vaste communauté de scientifiques qui utilisent le portail d’accès aux données ENCODE. Le deuxième objectif principal du projet est de servir de base de données publique pour « les protocoles expérimentaux, les procédures analytiques et les données elles-mêmes », ainsi que « l’interface elle-même devrait fournir des métadonnées révisées enregistrant l’origine des données et expliquant leur interprétation en termes biologiques ».
Le projet a entamé sa quatrième phase en février 2017.
La phase pilote du projet comprenait 8 groupes de recherche et 12 groupes travaillant sur la phase de développement technologique d’ENCODE. Après 2007, à l’issue de la phase pilote, le nombre de participants est passé à 440 scientifiques issus de 32 laboratoires du monde entier. Actuellement, le consortium est composé de différents centres ayant des tâches différentes.
ENCODE est membre du Consortium international de l’épigénome humain (IHEC).
La principale exigence du NHGRI concernant les résultats de recherche d’ENCODE est qu’ils soient partagés librement et avec une grande accessibilité pour tous les chercheurs afin de promouvoir la recherche en génomique. ENCODE favorise la reproductibilité et la transparence des logiciels, des méthodes, des données et des autres outils liés à l’analyse des données génomiques.