Jonathan Clay (Leeds, 26 juin 1963) est un athlète britannique qui a concouru en cyclisme sur piste, spécialisé dans l’épreuve de poursuite par équipes, et en cyclisme sur route.
Il a participé aux Jeux olympiques de Sydney en 2000, remportant une médaille de bronze dans l’épreuve de poursuite par équipes (avec Bryan Steel, Paul Manning, Bradley Wiggins et Chris Newton).
Il a remporté une médaille d’argent aux Championnats du monde de cyclisme sur piste 2000 dans l’épreuve de poursuite par équipe.