Pfaffenhausen est une commune située dans le district de Basse-Allgäu dans l’État fédéral de Bavière, en Allemagne, avec une population à la fin de 2016 d’environ 2496 habitants.
Elle est située au sud-ouest du Land, dans la région de Souabe, sur le versant nord des contreforts des Alpes, près des rives de l’Iller – un affluent droit du Danube – et de la frontière avec le Land de Bade-Wurtemberg.