En génétique, un saut chromosomique est une méthodologie de clonage positionnel, c’est-à-dire utile pour cloner des gènes dont la position dans le génome est connue au moins à faible résolution sur n’importe quel type de carte physique. Elle est intéressante parce qu’elle permet d’éviter les séquences d’ADN non informatives ou répétitives, tout en analysant des marqueurs très éloignés. Cette technique a été utilisée pour cloner le gène de la mucoviscidose.

La base de la technique consiste à utiliser de grands fragments d’ADN coupés par des enzymes de restriction, fragments qui sont supposés contenir le gène d’intérêt. Ces fragments sont ensuite ligaturés, ce qui donne des structures d’ADN circulaires. À partir d’un marqueur situé à une extrémité du fragment, un segment d’ADN contenant le marqueur et l’ADN contigu dans la structure circulaire, mais précédemment situé à l’autre extrémité de la séquence linéaire, est découpé. Ces fragments sont clonés dans un vecteur phagique. Celui-ci détecte, à l’aide d’une sonde complémentaire du marqueur initial, quel clone contient le fragment d’intérêt et obtient un morceau du fragment qui n’incorpore pas le marqueur initial. Ce nouveau fragment servira de marqueur pour d’autres cassures chromosomiques.

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