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« Chutes Too Narrow est leur album suivant, sorti en 2003, qui a représenté de nombreux fans du cercle Indie Rock, avec des paroles beaucoup plus variées, ainsi qu’une approche musicale qui a tiré parti de nouveaux genres, structures de chansons, et niveaux de fidélité de production. L’album a été confirmé comme l’une des meilleures ventes de Sub Pop, avec plus de 393 000 exemplaires vendus à ce jour.
« Oh, Inverted World » a été classé 71ème dans la liste des 100 meilleurs albums de 2000 à 2004 de Pitchfork Media, et « Chutes Too Narrow » 47ème.
Le troisième album du groupe, « Wincing the Night Away », est sorti le 23 janvier 2007 et a débuté à la deuxième place du Billboard 200 avec plus de 118 000 copies vendues au cours de la première semaine de sortie, le plus grand nombre de ventes jamais réalisées par un groupe de Sub Pop, obtenant les meilleures positions dans les charts pour un artiste de Sub Pop dans toute son histoire. L’album est sorti en ligne le 20 octobre 2006 et était disponible en pré-commande avec une piste bonus sur iTunes.
Le 6 juillet 2006, The Shins a donné un concert au Hollywod Bowl de Los Angeles, en Californie, avec le groupe Belle & Sebastian. Les deux groupes ont décrit ce concert comme un accomplissement dans leur carrière. Pendant les concerts, les membres du groupe (en particulier Crandal et Hernandez) échangent fréquemment leurs instruments.
Lors d’une interview avec Pitchfork Media, Mercer a annoncé qu’Eric Johnson de Fruit Bats faisait désormais partie de The Shins. Dans l’interview, Mercer a parlé de son désir de travailler avec des personnes différentes, ce qui a fait du contrat signé par Johnson un collaborateur du groupe et pas seulement un membre qui tourne avec eux.
The Shins a été nominé pour trois mtvU Woodie Awards : « Woodie de l’année », « Alumni Woodie », et « Viral Woodie ».
Le groupe a repris l’intro de l’émission Weeds, « Little Boxes », en septembre 2007, et la chanson a été incluse dans le single « Turn on Me » sur Lado-B.
Le 27 novembre 2007, le groupe figure sur un album de charité pour le Darfour publié par Waxplotation, qui n’a été disponible sur iTunes que pendant 90 jours.
En 2008, Dave Hernandez a quitté le groupe parce qu’il ne voulait plus voyager autant et parce qu’il voulait être avec sa famille après la naissance de sa fille Paloma.