La baie d’Aguirre est une petite baie située sur la péninsule de Mitre, dans l’océan Austral. Son embouchure s’étend du cap Hall, à l’est, à la pointe Kinnaird, à l’extrémité sud du cap San Gonzalo, à l’ouest. Elle appartient au département d’Ushuaia, dans la juridiction de la province de la Terre de Feu, de l’Antarctique et des îles de l’Atlantique Sud, en Argentine.
Cette baie a été découverte en février 1792 par le lieutenant Juan José de Elizalde et nommée ainsi en l’honneur de son cousin germain Juan Pedro de Aguirre.
C’est dans cette baie, dans une grotte située entre Punta Jalón et Punta Pique, que le missionnaire anglican Allen Francis Gardiner est mort de faim avec ses compagnons apostoliques.
Il existe également une estancia appelée « Bahía Aguirre ». Elle est située à l’ouest du Puerto Español, dans la baie même d’Aguirre. Cette estancia a été fondée par des Yougoslaves, et a été pendant longtemps le dernier endroit habité de la Península Mitre.